机器没有灭绝人类，可能有两个原因吧，一方面，一开始机器就有怜悯之心，它们不希望人类灭绝，但又不再想受人类威胁，最好的办法就是囚禁他们的身体，然后用一个虚拟世界来控制他们的精神，把人类作为生物电池只是副产品另一方面，可能是机器希望研究人类以改善他们自己，同样出于消除人类威胁性的考虑，必须把人类以某种方式。
这就是为什么尼奥在“现实世界”中，赤手空拳也能够使机器乌贼瘫痪的原因，他在“现实世界”中和在虚拟的“黑客帝国”网络中，都拥有强大的力量，因此其实像史密斯之流，实质上根本就不是尼奥的对手尼奥在黑客帝国第三集中，彻底明白了，原来“现实世界”也是虚拟世界，人类和机器人都是虚拟世界中。