机器没有灭绝人类，可能有两个原因吧，一方面，一开始机器就有怜悯之心，它们不希望人类灭绝，但又不再想受人类威胁，最好的办法就是囚禁他们的身体，然后用一个虚拟世界来控制他们的精神，把人类作为生物电池只是副产品另一方面，可能是机器希望研究人类以改善他们自己，同样出于消除人类威胁性的考虑，必须把人类以某种方式。
这就是为什么尼奥在“现实世界”中，赤手空拳也能够使机器乌贼瘫痪的原因，他在“现实世界”中和在虚拟的“黑客帝国”网络中，都拥有强大的力量，因此其实像史密斯之流，实质上根本就不是尼奥的对手尼奥在黑客帝国第三集中，彻底明白了，原来“现实世界”也是虚拟世界，人类和机器人都是虚拟世界中。
一场大战之后，守护天使病毒双胞胎等皆阵亡，而尼奥却在找到先知之后一无所获锡安的局势越来越危险，议员及指挥官相继阵亡，机器的攻击却丝毫没有因为人类的反抗而减弱此时，被叛徒射瞎双眼的尼奥，依然想通过希望去实现预言这时，特工史密斯控制了先知，并变得越来越强大，威胁到了整个“母体”的。
第一次看黑客帝国的时候，觉得里面的机器很明显都是坏人，这也是大家最直接最简单的解读，在母体看来，机器有权利虐待人类沃卓斯基兄弟曾在黑客帝国3上映后拍摄制作了一个短片，目的就是扩充黑客帝国的宇宙观，讲的是人类发明了人工智能，奴役这些有感情的机器，破损后随意伤害丢弃却不会受。
为人类和平奋斗，开辟新的道路，这又是哲学上的一种探索，追求世界的本质，本源，追求“原因”，最终，电影结局大团圆黑客帝国获得胜利，换来锡安的和平，Neo证明了自己就是“那个人”这是我看过之后的一点见解，我们让用哲学的眼光看黑客帝国，估计你也是吧，希望对你有点用。
其实主要讲的是电脑与人之间的战斗，具有矩阵革命性的黑客帝国三部曲第三部黑客帝国3 矩阵革命，终将这部描述人类与机器之战的史诗影片带向高潮的结局锡安的军队，在志愿者泽诺拉基耶饰和基德克莱顿华生饰等的帮助下，将展开面对机器大军的最后一站这一站不但关系人类最后一个基地内。
原创回答答案比较长，不知道楼主有没有这个耐心黑客帝国发生在22世纪末的时候，所以也有翻译“22世纪杀人网络”在那个时候，机器人的发达，使得它想代替人类，于是终于发生了一场大站人们以为那些靠太阳能支持的机器，只要没了阳光就完了，于是用核武遮蔽了天空可是遗憾的是，机器很快找到了新的。
这个服务器从来不停机维护这是大家一再提到的“MATRIX升级“，但是麻烦的是连接在MATRIX上的无数人类生命显然是无法重新启动的，这时对人类情感世界已经有相当了解的MATRIX找到了一个“最经济“的方案，那就是反过来利用错误来消灭错误，并利用错误创造重新启动系统的机会，这个完美的计划就是电影黑客帝国三。
恐怕不能再说下去了紫霞美眉曾经说过“我猜中了开头，却猜不到这个结局”对于黑客帝国3来讲，恐怕导演沃卓斯基兄弟也是这么设想的没有人知道他们会在多种可能的“最终世界”中选择那一种模式这也是电影最后的悬念当然，这也不是说我已经把其他所有的悬念说完了，还早着呢例如，那个。