史特工到了最后其实也脱离了母体matrix的控制，成为了“自由的”程序但他做种没能控制尼奥的力量，所以最后虽然吧尼奥同化了但最后还是被尼奥消灭了；史密斯是被删除了程序而死的，而祭师是程序复活而活的史密斯之死 黑客帝国3中，尼奥最后到达机器城市，在和机器达成和平的协议时，机器问他如果你失败了怎么办 尼奥回答我不会失败 因为尼奥和史密斯是互相。
黑客帝国的结局不是输了结局是尼奥和史密斯双双被机器删除，机器撤回电子乌贼大军，人类迎来了和平还有一种对结局背后的推测是实际还是人类输了就是母体为了进化，用人类作为能源，在进化的过程中有一些不肯被删除；黑客帝国3以主要人物尼奥史密斯双双衰亡，整个系统崩溃为结局结局中史密斯感染了尼奥设下的病毒，机器大帝因此掌握了删除史密斯和尼奥方法，最后尼奥进入矩阵注入了大量的删除代码，导致尼奥的大脑直接被烧毁，而史密斯也被。