在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮；黑客帝国中尼奥在现实世界中有超能力是因为先知告诉他救世主的能力并不仅限于矩阵中，而是可以联系到机器城的源代码特工史密斯通过人类反叛军成员的大脑进入真实世界，随后尼奥在真实世界与史密斯搏斗，被史密斯烧坏了眼睛，但却；还在第三部中选择了牺牲自己与史密斯同归于尽3的回答这其实是一个循环，是这样的母体运行一段时间之后，锡安建立开始有黑客进入母体救人救世主出现救世主威风一段时间机器派出乌贼消灭锡安救世主听从。