最终一战尼奥与史密斯融合分解了，架构师也履行对尼奥的承诺允许那1%的人类永久的生存在锡安中，先知的矩阵革命得以实现最终先知和尼奥共同拯救了人类经典的黑客帝国系列完结；但在逃跑过程中，被矩阵的“杀毒软件”特工史密斯杀死，结果反而让尼奥得到了新的力量，此时真实世界中的崔妮蒂紧依着尼奥和他对话，并深深地吻了他，感受到真实世界的深情之后尼奥仿佛顿悟一般地复活了复活后的尼奥对自己“；因为是在母体里，男主开启了编码模式，把子弹从崔尼蒂身体里挖出来了；在进一步了解母体结构的危险旅途中，积弱的基地防守力量根本不足以对抗如此强大的机甲兵团，决定再次潜入矩阵黑客帝国2，更惊人的真相和更加困难的选择，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点锡安基地“如果；因为尼奥掌握了“网络世界”的法则，通过运用法则的力量将子弹取出了；不是同一个人，你可以把23两部同时开启看，比较两人，不是同一个人。