结局尼奥和史密斯全都死了，而整个系统也彻底崩溃了，只能让设计师重新开发新的系统原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥；黑客帝国1骇客帝国1播放地址网址看前面介绍或结尾content12？7352html 黑客帝国2重装上阵骇客帝国2播放地址网址看前面介绍或结尾content12？2046html黑客帝国3矩阵革命骇客帝国3播放地址网址看前面介绍或结尾；最后被SMITH复制，那时候由于他连接着主机，当SMITH复制完成后，主机得到了SMITH的代码，从而就可以DELET掉SMITH了，消除这个病毒，让一切恢复正常运作，主机也就把NEO带走了，去哪就不知道了所以之后的说法就是NEO用主机换回。