使机器大帝和尼奥达成契约只要把史密斯消灭，人类和机器就可以和平共处然后她也预料到史密斯和尼奥最终会有一战，所以她自愿被史密斯复制，也使得史密斯去复制尼奥，从而他们正负相销，史密斯灭亡，至此先知的计划实现；先知为此改造了“特工”史密斯使之成为一个类似病毒的非法程序存在，这点从先知和尼奥的对话中可以得知只有先知知道史密斯和其他特工程序的不同，史密斯是尼奥的对立面并且只有尼奥能打败史密斯来阻止史密斯复制自己毁灭世界在；需要细细体会啊，你多看两遍就基本明白了尼奥被复制成史密斯，所以他们相通了，这个时候尼奥也可以感应到真正的史密斯，所以当机器城将他的管子拔掉后，尼奥就死了，由于相通，史密斯也就死了，其他的复制品也就跟着玩玩了；而代价是尼奥必须进入矩阵，删除叛逃异变的强大病毒史密斯经过一番苦战之后，尼奥败了，被史密斯所感染复制，但是也因此获得了史密斯的代码，从而成功将其清除，在最后一刻拯救了仅存的人类，还有被机器大军破坏殆尽的锡安。