先知引导救世主，然后当机器帝国尝试了多种黑客方法后例如第一集入侵船长脑袋获取密码等等，终于使用了“暴力破解方式DDoS”进攻锡安然后在锡安必毁，人类必定灭亡的情况下，由造物者和救世主做一个交易机器帝国毁灭；从而消除整个系统的不确定性，如果在第二部中，尼奥选择了毁灭锡安的那道门，他所携带的代码将反馈给母体，母体的稳定性将提高到一个新的阶段完成一次系统安全升级，但是这个稳定也是暂时的，因为这种方式只是能一次次提高。
一切都在设计师的掌控之中，锡安必须存在，因为无法将人类算尽，所以就有余数，锡安就是余数在史密斯进化出自由意识之前，锡安都随母体重启而毁灭，母体重启后的余数又组成新的锡安尼奥并不是唯一的救世主，每一次母体重启；负责收集母体中有BUG和不稳定的程序，并把他们集中到锡安系统内，然后救世主程序会在先知的引导下见到母体设计师，照例，母体设计师会给他两个选择，前五任救世主都是怀着悲天悯人的心选择了重建锡安，因此锡安被毁灭，救世主。
这个世界崩溃过很多次，锡安被毁灭过很多次，而尼奥是触发点，尼奥再锡安的世界也能使用超能力，说明这个世界也只是程序而已，包括他的眼睛瞎了后，依然能看到代码机器需要自主进化升级，它不具备这个能力，人类具备，所以它；锡安虽然被发现但是没有被毁 黑客帝国矩阵重启是拉娜·沃卓斯基执导的科幻动作片，由基努·里维斯凯瑞安·莫斯叶海亚·阿卜杜勒迈丁杰西卡·亨维克乔纳森·格罗夫尼尔·帕特里克·哈里斯等主演，于2021年12月22日。
而有1%的人不愿意留在母体，设计师的方法是把那1%的人放出母体，建造ZION锡安然后的威胁是错误程序，像法国人那样的程序是对系统有害的错误程序，但是系统不能直接删除他们，所以设计师就想出了救世主，把错误程序的。
为什么锡安被摧毁六次
1、回答简单说来，设计师和先知都是程序人工智能发展到了电影里的程度已经完全可能开发程序zion差不多要经历一两代人才被毁一次，设计师要是人类怎么会目睹那么多次的毁灭与重生先知在第二部里貌似解释过，她就是一个直觉。
2、3母体为什么要毁灭锡安？母体知道有特警病毒威胁他，为什么他还要毁灭锡安？若救世主不去那机械城市，在锡安被杀了，母体也会完蛋啊？！是母体系统的逻辑规则一定要这样做么？如果是威胁救世主来机械城市，但那机械城市的BOSS为什么一开始又说。
3、菲什伯恩 Nebuchadnezzar号飞船上的船长他和他的船员的使命是保护人类最后的城市锡安，并将其他人从矩阵中解救出来一直在寻找尼奥，并坚信尼奥就是救世主他在锡安很受欢迎，但在矩阵的特工眼里是一名被通缉的恐怖分子。
4、尼奥的选择终结了矩阵升级锡安毁灭重建的循环，但却迎来了另一个问题，如果尼奥不进入代码之源，那么架构师就会亲自毁灭人类先知为此改造了“特工”史密斯使之成为一个类似病毒的非法程序存在，这点从先知和尼奥的对话中可以。
锡安被毁灭好几次
1、原因第一人类当电池这个理论是站不住脚的人类都能发明出核能，存在了不知道多久的已经有意识的电脑，不可能没了阳光就没有了能源它的技术应该已经能脱离星球了第二尼奥在锡安也有超能力，这在现实中是不可能。
2、从尼奥和先知的对话中知道架构师不仅不理解爱，更不理解选择，所以架构师不理解为什么尼奥宁可做出会毁灭人类的“错误”决定也要救崔妮蒂尼奥的选择终结了矩阵升级锡安毁灭重建的循环，但却迎来了另一个问题，如果尼奥不进入。
3、先知想要终结机器与人类的战争并因此创造出了尼奥和史密斯最终一战尼奥与史密斯融合分解了，架构师也履行对尼奥的承诺允许那1%的人类永久的生存在锡安中，先知的矩阵革命得以实现最终先知和尼奥共同拯救了人类。
4、看过黑客帝国的都清楚，尼克是第六代“救世主”，也就是说锡安重建了五次，而每次重建都是只给救世主留二十几个人，从零开始重建锡安，然后再被毁灭设定上是200多年以后，不可能在两百多年里重建五次，所以锡安也是。
5、锡安被帽5次东契奇锡安谁才是未来第一人东契奇VS锡安 达拉斯，美航中心，两边人马捉对厮杀一边身着蓝衣，一方身着白袍，远远望去，竟然没有一个是庸手身着白袍的，是新奥尔良帮会烤翅帮，人群中最黑，屁股最大的。