尼奥等人发现原来他们一行人中的塞弗Cypher出卖了他们的情报予特工程序，导致莫菲斯被捕塞弗回到真实世界后，将仍在矩阵的队友逐一杀死，但在准备杀死尼奥时，被另一队友坦克Tank所杀坦克之后成功唤回尼奥和崔妮蒂。
尼奥牺牲自己和病毒特工史密斯 史密斯本来是杀毒程序，在第一集最后被尼奥消灭后变异为病毒同归于尽，矩阵自身无法杀死病毒，设计师老人接受了尼奥的条件，换来了和平所以锡安最后没有灭亡仔细看，第三集最后部分。
也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂凯莉·安·摩丝饰的指引下，两人见面了，尼奥也在墨菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵，这才了解到，原来他一直活在虚拟世界当中。
从尼奥和先知的对话中知道架构师不仅不理解爱，更不理解选择，所以架构师不理解为什么尼奥宁可做出会毁灭人类的“错误”决定也要救崔妮蒂尼奥的选择终结了矩阵升级锡安毁灭重建的循环，但却迎来了另一个问题，如果尼奥不进入。
