最终一战尼奥与史密斯融合分解了，架构师也履行对尼奥的承诺允许那1%的人类永久的生存在锡安中，先知的矩阵革命得以实现最终先知和尼奥共同拯救了人类经典的黑客帝国系列完结。
尼欧突然就打赢了史密斯，和他的身份有关史密斯的“生”第一部最后尼奥觉醒，变成the One ，最后关头通过进入史密斯的身体，篡改了史密斯的程序，认为消灭了史密斯然而在第二部，当尼奥惊讶地发现史密斯并没有死，反而更。
结局尼奥和史密斯全都死了，而整个系统也彻底崩溃了，只能让设计师重新开发新的系统原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥。
就是最后的画面，先知和母体设计者的对话neo为人类和机器争取来了一段时间的和平，和平能持续多久谁也不知道整个黑客帝国到此结束如果是你在母体里，你是选择留在母体，还是选择脱离母体呢。
尼奥Neo最后死掉了他用自己的牺牲换取“真实世界”短暂的和平与安宁电影里一再交代，只要拔下插头就会死掉那个机器帮他把插头拔掉他和同化的“史密斯”一起消失黑客帝国3矩阵革命The Matrix Revolutions。