最终一战尼奥与史密斯融合分解了，架构师也履行对尼奥的承诺允许那1%的人类永久的生存在锡安中，先知的矩阵革命得以实现最终先知和尼奥共同拯救了人类经典的黑客帝国系列完结。
在上集打败密探史密斯救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点锡安基地在那里，他们和其他自由战士们聚集到了一起3黑客帝国3矩阵革命梗。
黑客帝国的结局不是输了结局是尼奥和史密斯双双被机器删除，机器撤回电子乌贼大军，人类迎来了和平还有一种对结局背后的推测是实际还是人类输了就是母体为了进化，用人类作为能源，在进化的过程中有一些不肯被删除。
很多年后在放几个人出去再创造一个锡安，周而复始，已经循环了很多次了如果不知道这一切的开头建议看一下黑客帝国动画版，有一部前传，讲的就是人类如何被机器人打败，如何被机器人奴役变成能源的。