可以说，在第三部中，无论是救世主还是母体，其实都是一个双赢的结局，因为母体完成了重载，解决了内部的隐患，而史密斯作为救世主，也让母体进行让步，不再一味强硬地去控制人类此外，根据已经公布的片名黑客帝国4矩阵。
没有结束，一切再次平衡，机器与人达成和平协议，尼奥最后可以战胜特工，实际上是因为他复活后具有了识别矩阵代码的能力，并可以轻松改写这些代码，所以特工就不能再利用超能力战胜他了 特工史密斯被尼奥消灭后，因为在他被。
黑客帝国4结局是neo潜意识以墨菲斯为蓝本创造了一个虚拟人物墨菲斯，把他的使命设定为引导neo反抗墨菲斯和新人类的一只小队从矩阵中救出了neo他们一起引导Trinity逃脱俩人利用自己的权限大杀四方，最后羞辱了一波。
对局是母体利用尼奥诱骗史密斯侵入尼奥的身体，将母体中最大的BUG消灭了 而尼奥为了拯救现实中的人类，利用这样的机会与母体达成协议，牺牲自己帮助母体消灭史密斯，母体承诺不再对付人类就这样。
