每一代的尼奥都会最终走回代码之源，帮助机器完成升级，而这时候机器大军会摧毁锡安，然后救世主会到母体中选择16女7男，组成议会，建立新的锡安，等待 下一代的救世主出现而电影中的第六代尼奥为什么不同呢是因为机器。
我个人认为真实世界是真实的，不是虚拟的，第二集的最后，万物之源处，该BOSS说，锡安已经被毁灭了5次，母体也已经重组了5次，还要尼奥做出选择，是走左边的门去救他女朋友还是去右边的门从母体里选择16女7男重建锡安，很多人。
将锡安的代码带回到Matrix的源程序进行重装，同时机器摧毁锡安，完成Matrix系统的升级之后救世主将按照初始设置，带领16女7男返回真实世界，再开始重建锡安，等待下一代的救世主而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯。
而前五任救世主中与你区别的是，他们都没有被编入爱的程序你是第六任救世主，前五任都完成了他们的使命带领锡安，从锡安的毁灭中升级母体，再挑选16女7男重建锡安，等待母体的下一次升级你的崔尼蒂闯进了母体，她。
但我有几个疑问，机器使用了人作为能源，而控制这些人的手段是距阵，在尼奥和建筑师对话能看到，锡安只是距阵网络升级的工具，救世主的任务是携带锡安的信息反馈给距阵，然后距阵升级，同时机器摧毁锡安，然后下一个救世主再携带16女7男反回锡安。
刚开始neo是在程序中不过他察觉到了周围世界的异常，并且通过网络和电话与墨菲斯有联系，所以会被特工Smith放虫特工的作用就是杀掉墨菲斯这样的母体“病毒”，保证母体的稳定neo吃了药片后，首次返回人间。
接着系统升级，在升级的同时在放出乌贼杀了ZION所有的人，这一轮升级就算完成了再让这个救世主带上7男16女回去再建ZION，等下个救世主出现再升级母体尼欧之前有5代了这就是设计师说的话的含义第二集中设计师说。