第二集的结尾是尼奥在现实的人类世界中他们的飞船没电了，后面有机器乌贼在追他们，尼奥感觉自己在现实世界中能用意念来摧毁机器乌贼，在同时摧毁了三个乌贼的时候，尼奥突然晕了过去，回到飞船后，检测出他现在生理状态跟进入了。
没有结束，一切再次平衡，机器与人达成和平协议，尼奥最后可以战胜特工，实际上是因为他复活后具有了识别矩阵代码的能力，并可以轻松改写这些代码，所以特工就不能再利用超能力战胜他了 特工史密斯被尼奥消灭后，因为在他被。
对局是母体利用尼奥诱骗史密斯侵入尼奥的身体，将母体中最大的BUG消灭了 而尼奥为了拯救现实中的人类，利用这样的机会与母体达成协议，牺牲自己帮助母体消灭史密斯，母体承诺不再对付人类就这样。
LS说的不对吧，仔细看看一，一的结尾特工史密斯杀死了尼奥，却触发了黑客尼奥内置的“救世主”，尼奥复活升级为救世主，杀死史密斯，起到杀毒软件作用的特工被病毒黑客杀死，本应被删除，但特工史密斯先杀死了黑客尼奥，却。
特效不错，动作给力，整体不如第一部结局忘了，不过和第三部联系很紧。
