在上集打败史密斯雨果·维文饰救出墨菲斯之后,尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起,乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点锡安基地第三部讲述了在黑客帝国系列电影最后一集中,延续上集黑客。
尼奥选择让史密斯感染自己,在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码,最后才得以将他们两个同时删除,使矩阵回到了平衡 关于Matrix Matrix是一个建立在数学基础上的严整系统,一切都是有规律的,包括特工们和尼奥的超能力在内。
复活后的尼奥对自己“救世主”的身份已无丝毫怀疑,明白到自己可以重写矩阵内程序的能力他马上入侵了其中一个特工程序史密斯,令史密斯烟消云散,消失得无影无踪其他的特工程序吓得落荒而逃之后的故事在黑客帝国2。