可是，“母体取经”的道路注定是凶险多端的在寻找母体系统内唯一知道系统弱点的“制钥者”的过程中，尼奥墨菲斯和崔妮蒂遇到了前所未有的困难3，黑客帝国3矩阵革命剧情介绍面对如潮的电子乌贼，人类城市危在。
先知随着对人类的研究逐渐理解并拥有了人类的情感，这是与同为程序的架构师最大的不同，先知想要终结机器与人类的战争并因此创造出了尼奥和史密斯最终一战尼奥与史密斯融合分解了，架构师也履行对尼奥的承诺允许那1%的人类。
尼奥Neo，真名为托马斯·安德森Thomas A Anderson，是黑客帝国三部曲当中的主角，身为矩阵中的“救世主”促成了机器与人类之间的和平电影当中由基努·里维斯饰演托马斯·安德森表面上是知名软件公司的电脑工程师。
大意是锡安不是一个真实的城市，它是由一个比母体更高级的系统控制的虚拟世界，用来安置那1%反抗母体控制的人类的意识尼奥也不是真正的人类，他是母体中无数 不可避免的异常程序的集合体，也就是一个大Bug而造物主。