黑客帝国的结局不是好不好的问题，而是“搞不搞得懂”的问题 黑客帝国的结局，其实是在模仿耶稣最后的结局因为在里面尼奥是新的救世主，救世主就是要牺牲自己，换取其他人的存活，这和耶稣最后的结局很相像但是。
首先你得知道，锡安也是一个虚拟的世界从尼奥能在锡安挡住电子乌贼以及能预测未来和在黑客帝国3中尼奥使命后仍然能看到另一个世界可以看出，而且史密斯还侵入了一个人的人脑，史密斯在母体中就可以随便占用人脑，这都能看出。
尼奥为了人类和母体的和平 单挑史密斯 故意让史密斯吸收，被电脑重新洗牌删除史密斯，重做世界人类和机器和平共处。
黑客帝国的结局不是输了结局是尼奥和史密斯双双被机器删除，机器撤回电子乌贼大军，人类迎来了和平还有一种对结局背后的推测是实际还是人类输了就是母体为了进化，用人类作为能源，在进化的过程中有一些不肯被删除。
原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥的大脑被烧毁直接死亡，而史密斯及其复制品也在源源不断的删除代码中得以删除黑客帝。
